目前，动物分类学家根据动物的各种特征（形态、细胞、遗传、生理、生化、生态和地球分布）进行分类，即自然分类法，将动物依次分为各种等级。
即界、门、纲、目、科、属、种等七个主要等级。其中种是分类所用的基本单位。每一种动物，都可以给它们在这个等级序列中冠以适当的名称和位置。
如棉蚜、属于动物界、节肢动物门、昆虫纲、同翅目、蚜科、蚜属、它的学名为Aphis gossypii Glover；
大熊猫，属于动物界，脊维动物门、哺乳纲、食肉目、大熊猫科、大熊猫属，它的学名为Ailuropodamelanoleuca。
在上述分类等级中，科学工作者使用时为了更精确地表达种的分类地位，还将原有的阶元进一步细分，在上述的分类阶元之间加入另外一些阶元，以满足科学工作的需要。因此，在实际工作中，一般采用的分类附元如下：
界Kingdom
门Phylum
亚门Subphylum
总纲Superclass
纲Class
亚纲Subclass
总目Superoder
目Order
亚目Suborder
总科Superfamily
科Family
亚科Subfamily
属Genus
亚属Subgenus
种Species
亚种Subspecies
动物学家依据动物进货过程中外观特征的变化及内部解剖，生理特征的变化制定了检索表，它可以反映物种间的亲缘关系。
例如，蜘蛛、昆虫、蚯蚓、鲤鱼、眼镜蛇、青蛙、丹顶鹤和华南虎，它们之间的异同见下列检索表。
A、具有真正的脊索（脊索动物）…………………………………………………………D
没有真正的脊索（无脊椎动物）………………………………………………………………B
B、身体各节分工不明显，由许多环节组成……环节动物门（蚯蚓）身体各节具有真正的分工，由头部、胸部和腹部组成……C
C、有三以足和二对翅…………………………………………………………………………昆虫纲（昆虫）
有四对足，没有翅……………………………………………………………………………………蛛形纲（蜘蛛）
D、完全用鳃呼吸，以鳍运动，终生生活在水中……………………鱼纲（鲤鱼）
主要用肺呼吸，部分动物在生长的某个时期用鳃呼吸，以五趾形附肢运动（至少在成体时），至少在成体阶段生活在陆地上……………………E
E、变温动物……………………………………………………………………………………F
恒温动物………………………………………………………………………………………………G
F、具有中肾：大脑具原脑皮；体名受精，卵无羊膜，指（趾）端无
爪，皮肤裸露……………………………………………………………………………………两栖纲（青蛙）
具有后肾；大脑具新脑皮层；体内受精，产羊膜卵；指（趾）端
有爪，体表被覆角质鳞片………………………………………………爬行纲（眼镜蛇）
G、体表被羽，皮肤缺乏腺体；双重呼吸，具气囊，以鸣管发声；
卵生，有抚育幼雏的本能……………………………………………………鸟纲（丹顶鹤）
体名被毛，皮肤腺发达，非双重呼吸，不具气囊，以声带发
声；胎生，哺乳……………………………………………………………………哺乳纲（东北虎）
从上面的检索表中可以看出，蚯蚓、蜘蛛、昆虫三者的亲缘关系较近，其中蜘蛛与昆虫关系更为密切；在其余的几种动物中，青蛙和蛇的关系比它与丹顶鹤和东北虎的关系更为近缘。