软件安装目前据我所见大概有几种方式，试总结如下：
installer模式。windows下常见的exe安装包，osx下的pkg安装包，unix下也有不少bin安装包。由开发者负责开发另一个程序来部署应用程序及其反安装程序。
package模式。由OS内建的包管理器管理。linux下每个发行版都有一个；windows有msi；等等。打包者（可能是开发者自己也可能是专职的）负责将主程序和一些脚本写好，打包；包管理器负责解析和具体的安装/反安装操作。
bundle模式。从osx的app开始，ipa/apk都是这个模式的派生；windows下的“绿色软件“马马虎虎也算这个模式。开发者只负责打包；OS只负责运行；用户随意增删。
ports模式。算是package的一个分支，技术人群熟悉，不必详谈。
对卸载而言，问题一般有这几个：零是程序本身的清理，这个所有模式都可以保证解决；一是配置数据的清理；二是installer模式下卸载程序本身的清理（别笑！十几年前这可是个大问题……），事实上我觉得OS引入包管理有一部分原因就是为了解决这个问题（另外还为了OS自身的模块化，包之间的依赖关系，等等），毕竟有些OS不允许程序在运行时删除自身。剩下的问题主要就出在配置数据上。（其实对配置数据，我记得大多包管理系统默认都是不加删除的，以备下次安装上还可以用；除非用户手动指定删除）。配置数据在表现上有两种形式：文件、系统配置数据库中的表项（注册表/dconf/keychain, etc）。文件这部分没什么好说的。系统配置数据库本来也不应该有什么问题，但具体到windows的注册表，其早期的实现有个大问题：增删乃至读效率都会随着其节点数提高而降低。这使得对windows而言，彻底的卸载除了洁癖上的意义还具有实际使用上的意义。回到卸载不干净的问题，就是uninstaller写法上的问题了。精心设计的话，installer这个模式是不存在什么死角的。