1984年，钟南山被授予中国首批国家级有突出贡献专家称号。
1990年，钟南山被评为中国全国卫生系统优秀留学回国人员。
1992年，钟南山获中国全国卫生系统模范工作者称号。
1995年，钟南山被评为中国全国先进工作者（即全国劳模）并荣获全国五一劳动奖章。
1997年1月15日，钟南山被中共广州市委授予“模范共产党员”的称号。
2003年，钟南山再次被评为中国全国先进工作者（即全国劳模）并荣获全国五一劳动奖章。
2003年，钟南山荣获“中国医学基金会华源医德风范奖” 。
2003年6月19日，钟南山因在抗非战斗的卓越表现，被广东省委、省政府授予唯一一项特等功。
2003年，钟南山被广州市授予“抗非英雄”荣誉称号。
2004年4月8日，钟南山被授予中国国内卫生系统的最高荣誉称号——白求恩奖章。
2010年12月6日，钟南山被评为中国“十佳全国优秀科技工作者”。
2016年6月1日，钟南山荣膺中国工程界最高奖项——第十一届光华工程科技奖成就奖。
2018年11月，钟南山入选100名改革开放杰出贡献对象。
2018年12月18日，党中央、国务院授予钟南山同志改革先锋称号，颁授改革先锋奖章，并获评“公共卫生事件应急体系建设的重要推动者”。
2019年9月25日，钟南山被评选为“最美奋斗者”。
2019年12月18日，钟南山入选“中国海归70年70人”榜单。