日本的总面积约为378,000平方公里。大约与德国、芬兰、越南或者马来西亚的面积差不多。 日本的面积是美国的二十五分之一，比加利福尼亚还要小。
日本的海岸线变化多样。在一些地方，像千叶县的九十九里滨岛，多沙的海滩呈直线绵延达60公里；而长崎地区的海岸则遍布半岛、水湾和海面岛屿（例如五岛群岛、作为长崎的一部分的对马(岛)和壹歧岛）。
另外，由于地壳变动造成以前的海岸线的部分被淹没，形成了一些地区海岸线参差不齐，到处是水湾和峭壁。
一股叫做日本暖流的洋流沿东北方向经过日本列岛南半部，该洋流的一个分支对马洋流沿着国土的西部流进日本海。 从北往南，一个叫做鄂霍次克洋流的寒流沿着日本的西海岸流动，该洋流的一个支流亦即利曼洋流从北部进入日本海。
这些暖流和寒流的混合使得日本近海渔业资源极为丰富。
多火山的国家
日本国土表面的四分之三为山峦起伏的地形。本州中部的中部地方被称作“日本的屋脊”，这里的许多山的高度超过3000米。
日本最高的山是富士山（高3776米）， 位于山梨县和静岗县交界处。
日本第二高的山峰为北岳高3192米， 位于山梨县境内。第三高峰为穗高岳，山高3190米，位于长野县和歧阜县的交界处。
日本位于环太平洋火山带上，从南到北有许多多火山地区 – 一般认为日本有7个多火山地带。 在日本众多的火山中，大约有80个是活火山，包括位于伊豆半岛的三原山，位于长野县和 群马县交界处的浅间山，以及位于熊本县的阿苏山。
世界上大约840个活火山中日本占了十分之一。富士山自从1707年喷发之后一直沉睡，但是决不意味着富士山在我们有生之年不会爆发。
湍流
赖天之赐，多山的日本拥有众多的河流。 日本的河流多数流速很快，他们在离开山谷和盆地之后很快便注入海洋。
日本河流陡急的例子是Kurobe河，它从海拔为2900多米高处的日本阿尔卑斯山的源头，流动了仅仅83公里便与日本海会合。
日本最长的河流是信浓川，长约367公里，从中部地方开始，流经新泻县，注入日本海。 日本第二长的河流是利根川，流经关东平原奔向太平洋。
第三大河流是北海道的石狩川，有268公里长。
从高山地带向下奔流的众多河流，对于日本地形的形成起了重大作用，它们造成了大大小小的河谷，并且在注入海洋的地区形成扇形的三角洲。日本的平原不大。最大的关东平原包括枥木县、茨城县、群马县、崎玉县、千叶县、东京都和神奈川县等。
其他较大的平原地区有越后平原(新泻县)、石狩平原(北海道)以及浓尾平原(爱知县和歧阜县)。